Nació en Reinosa, actual comunidad de Cantabría (España), el 14 de enero de 1635, bautizado allí el 14 de marzo del mismo año, siendo padrinos Juan Quevedo Alvarado y Luisa, viuda del Licenciado Morante.
Pasó a los territorios del actual ecuador en 1659. Don Víctor Alejandro Jaramillo dice que tenía despachos de Capitán de Guerra y que vino de España para ser Corregidor de Otavalo, como efectivamente fue en los años 1670 y 1671; fue varias veces Alcalde Ordinario de Riobamba.
El 22 de diciembre de 1685, vendió a Gertrudis Fernández de Córdoba y Toledo, casada con el Alférez José Francisco de Guadalupe Aguilar, una cuadra y media de tierra en Callitum (Punín); el 23 de diciembre de 1686, compró a Juan de la Sierra, familiar del Santo Oficio de la Inquisición de Riobamba, la hacienda Lupagsí.
Comerciaba en telas, de las que enviaba algunas al Perú.
Testó cerrado el 12 de julio de 1693 (Jijón y Caamaño dice que testó el 12 de noviembre de 1695); en el testamento leemos: "... hago el dicho testamento cerrado y sellado para que lo otorgue don Francisco de Chiriboga, Escribano de Cabildo de esta dicha Villa"; dejó casa en Riobamba; en el testamento dice: "Más declaro por mis bienes un mil y veinte y ocho pesos y cuatro reales, que por cuenta del libro me debe el reverendo Padre José Abad, que le he suplido para las obras de la Compañía de Jesús en esta villa...." Tiene también un obraje en Macají comprado a Pedro Gómez Granizo.
Don Manuel de León murió en el sitio y obraje de Macají el 27 de junio de 1694, por lo que el General Diego de Orozco, Caballero de la Orden de Santiago, Alcalde Ordinario de Riobamba, dice que acaba de morir el Capitán Manuel de León y Mendoza, como a las cuatro de la mañana, y como hizo testamento, ordena que la viuda lo exhiba. En el tan citado testamento dice que "...mediante el deseo del señor Conde de Lemos, virrey de estos reinos, tuvo de dar estado conmigo a la dicha doña Magdalena, y atendiendo yo a su (quemado)..." es decir que se casó por consejos y deseo del virrey del Perú; como Pedro Fernández de Castro, conde de Lemos, fue Virrey del Perú de 1667 a 1672, don Manuel debió casarse por esos años. Don Manuel tenía sepultura propia en la iglesia mayor de Riobamba al lado de la epístola, en el presbiterio, al pie del altar de Nuestra Señora del Carmen.