Родился в с.Усовка на Полтавщине (ныне Барышевский район Киевской области) в крестьянской семье. В 1872-1879 гг. учился в Переяславской духовной школе, затем (с 1881) в Киевской рисовальной школе Н.И.Мурашко. В 1883 г. вместе с А.И.Беклемишевым-Реджио работал над декорациями в Киевском оперном театре. Некоторое время был вольнослушателем императорской Академии художеств в Санкт-Петербурге, получив от нее свидетельство на право преподавания графических искусств в низших учебных заведениях (1886). С 1887 г. работал в Москве в хромолитографии И.И.Пашкова. Принимал участие в написании учебника "Школа рисования", изданного в 1888 г. в Москве. В 1890 г. переехал в Красноярск, преподавал в мужской и женской гимназиях. Открыл в городе рисовальную школу, просуществовавшую один год. Был дружен с художником В.И.Суриковым, о котором позже написал свои воспоминания. В 1895 г. получил свидетельство на право преподавания рисования в средних учебных заведениях.
В начале 1896 г. получил назначение в Якутск, однако по дороге остановился в Иркутске, где прожил до 1905 г. Преподавал рисование и чистописание в женской прогимназии (с 1903 г.- 2-й гимназии) И.С.Хаминова, духовной семинарии, губернской мужской гимназии, церковно-учительской школе и приготовительной школе Сибирского кадетского корпуса. В феврале - марте 1898 г. открыл при Вознесенском мужском монастыре школу рисования и иконописи, которую по ходатайству архиепископа Тихона Академия художеств бесплатно снабдила рисунками, этюдами и гипсами. В 1900 г. совместно с Н.И.Верхотуровым был инициатором открытия в городе рисовальной школы, проработавшей меньше года. По всей видимости, имел отношение к работе рисовального класса Иркутской духовной семинарии в 1902 г. В январе 1905 г. совместно с И.Л.Копыловым открыл в Иркутске недолго просуществовавший класс рисования при Обществе распространения народного образования и народных развлечений в Иркутской губернии, членом которого он являлся. В 1900-1904 гг. писал "статьи" для журнала "Искусство и художественная промышленность".
В 1905 г., вернувшись на Украину, преподавал в Кременчугской женской гимназии, в 1906 г.- в Новозыбковском сельскохозяйственном и реальном училищах.
В 1907 г. был арестован за участие в революционной деятельности и в следующем году выслан в г.Дубно, преподавал там в женской прогимназии и частной мужской гимназии.
С 1910 г. вновь в Сибири - в Чите, учительствовал в I-й женской гимназии, был деятельным членом Забайкальского отдела Общества изучения Сибири и улучшения ее быта. В 1911-1912 гг. основал в городе музыкально-художественное общество, был председателем его. В 1913 г. по его инициативе была открыта Читинская художественно-промышленная школа, первым директором (по 1915) и преподавателем которой он стал.
В марте 1915 г. составил докладную записку "Об открытии в г.Иркутске художественного училища и мастерских при нем в окрестностях города по ломке и обработке мрамора для художественных скульптурных произведений" (11, лл.2-4об.). Однако, рассмотревший записку Совет Академии художеств не усмотрел "достаточных оснований в пользу открытия в Сибири указанного училища" (11, лл.11-12).
В 1915 г. служил в чине коллежского советника, имел ордена Св.Станислава 3 степени и Св.Анны 3 степени.
В 1917 г. возвратился на Украину, где продолжил активную педагогическую и культурную работу. Работал в разных местах недалеко от Киева: в 1917 г. в с.Новый Быков основал высшую начальную четырехклассную школу, в 1918 г. в том же селе устроил "общественные мастерские", принимал участие в основании украинской гимназии в Яготине, был директором ее, в 1920-1921 гг. занимал должность "организатора-директора" техникума при Згуровском сахарном заводе, в 1922 г. временно работал на том же заводе лаборантом, 1923-й год провел в с.Усовка "как хлебороб", в 1924 г. заведовал художественной студией на Ново-Быковском сахарном заводе. С октября 1925 по июль 1926 г. работал художником в Киевском музее революции. Позже жил и трудился недалеко от Полтавы: с сентября 1927 г.- преподавателем рисования в Гоголевской семилетней трудовой школе, с октября 1928 по сентябрь 1929 г.- заведующим Решетиловской ткацкой школы.
В 1930 г. вышел на пенсию, вернулся в Усовку. С 1933 г.- член ассоциации художников "Киевский художник". Был женат, жена Лидия Аркадьевна, детей, по-видимому, не имел. Скончался в родной Усовке.
Свои картины и рисунки Рутченко-Короткоручко не ценил и раздаривал, отказывая им в большой художественной ценности, часто подписывал их псевдонимами: "Мар", "Марк", "Азовский", "Орлов", "Сибиряк", "Corot" и т.д. Писал также иконы, декорации - "им счета нет". По воспоминанию самого Рутченко-Короткоручко (9, л.17-17 об.) его картины и иконы находились в Москве, Петербурге, Киеве, Красноярске, Иркутске. Известно, что им были исполнены образа для Иркутской духовной семинарии. В собрании ИОХМ имеется написанный им "Портрет архиепископа Тихона". В Красноярском художественном музее находится его картина "Одиночное заключение", в Донецком областном художественном музее - 12 графических работ сибирского периода.