На момент брака: вдовец с двумя детьми, советник Главного Управления Сибири.
Я.С. Капустин 22 мая 1808 г. вступил в службу копиистом в Тобольскую казенную палату. 14 мая 1815 г. он назначается столоначальником по экспедиции винных и соляных дел. С 31 декабря 1818 г. – губернский секретарь; 31 декабря 1821 г. – коллежский секретарь; 6 марта 1823 г. переводится бухгалтером во вновь созданное Главное управление Западной Сибири. 10 ноября 1833 г. Капустин стал исправляющим должность советника и начальника отделения Главного управления Западной Сибири.
К началу 1850-х гг., когда Главное управление Запасной Сибири было переведено в Омск, Капустин имел чин статского советника, а с 31 декабря 1847 г. – начальник III отделения в Главном управлении, отец многодетного семейства. Капустины находились в дружеских и родственных отношениях со многими значительными в Омске людьми. Так они поддерживали отношения с семейством князя Горчакова и его женой, с семьей коменданта Омской крепости А.Ф. де Граве, который был крестным отцом их детей. В 1859 г. Капустин был назначен управляющим Томской казенной палаты.
«Дом Капустиных в Омске, – вспоминает современник, – представлял салон, в котором собиралась молодежь с высшим образованием, занимавшаяся литературой, живописью и пр. Все проезжавшие через Омск образованные люди – путешественники, ссыльные, обязательно вводились в этот салон».
Я. С. Капустин был хорошо знаком с Достоевским и послужил для писателя прототипом чиновника И.И. Гвоздикова в «Записках из Мертвого дома».
Исследователь Сибири Г.Н. Потанин писал о жене Капустина: «В гостиной Екатерины Ивановны собирался цвет омской интеллигенции, молодые офицеры Генерального штаба, чиновники Главного управления, окончившие высшую школу, друзья сына, Капустина Семена Яковлевича, и художники, как например, офицер Генерального штаба Померанцев, политический ссыльный, как например, петрашевец Дуров. Если через Омск проезжал какой-нибудь ученый-путешественник или профессор, как например, П.П. Семенов, он непременно попадал в гостиную Екатерины Ивановны». Многие годы Екатерина Ивановна поддерживала переписку с Ф. М. Достоевским.
В 1859 г. Капустин был назначен управляющим Томской казенной палаты и они покинули Омск, где прожили два десятка лет. На новом месте Яков Семенович прослужил недолго и 7 сентября 1859 г. скончался. Его жена с детьми продолжала жить там, пока 23 февраля 1865 г. ее зять генерал А. К. Смирнов не сообщил ей, что «от министра внутренних дел сего дня получена секретная бумага», в которой она «обвиняется в передаче писем польских ссыльных». Из Томска Капустиной пришлось уехать к брату Д.И. Менделееву в его имение в Боблово Московской губернии, а затем переселилась с детьми в его квартиру в Петербурге.