Панайот Вичев Бърнев е роден в Ески Джумая (сега Търовище) на 16 септември 1859 г. Произхожда от заможно търговско семейство. Баща му Вичо Бърнев (1827-1871) е един от учредителите на търговската фирма "Братя Бърневи" в Ески Джумая с клонове в Цариград и Манчестер. Търгуват с галантерия, угоен добитък за Царигра, месни произведения, суджуци, пастърма, създърма, сирене, кашкавал и др. Той е личен приятел на възрожденския учител Петко Рачов Славейков, който учителствува през 1863 г. в Ески Джумая.
Майка му Анастасия Хаджи Рачева (1841-1879) е от село Дебелец, Търновско.
Панайот Бърнев е близнак и останал първо дете на семейството. Завършва народно българско класно училище в родния си град през 1875 г., после работи като шивач в Разград, търговец в Цариград. След смъртта на родителите му фирмата "Братя Бърневи" фалира и той става глава на семейството. Принуден е да продаде и бащината къща, за да издържа себе си и по-малкия си брат. Решава да се отдаде на военна служба. Чрез конкурсен изпит на 17 октомври 1880 г. е приет за юнкер във Военното училище в София. Завършва курса му с четвъртия випуск, четвърти по успех и на 30 август 1883 г. е произведен подпоручик. Назначен е младши офицер в 12-а раховска пеша дружина във Варна.
През Сръбско-българската война 1885 г. участвува като подпоручик командир на І-ва рота от 8-и пехотен приморски полк. Взема участие в боевете при Драгоман и на 11 и 12 ноември при Цариброд, на 14 ноември при овладяване на Пирот. Награден е с орден "За военна заслуга" на червена лента и сребърен медал в памет на тази война.
През 1888 т. е преведен като командир на рота в 1-ви пехотен софийски полк, а през следващата година е назначен за командир на взвод във Военното училище в София. През 1895 г. е повишен в длъжност командир на юнкерска рота, а на 28 ноември е преведен за ординарец на княз Фердинанд Сакс-Кобург-Готски.
През 1896 г. е включен във военната свита в състава на правителствената делегация, водена от княз Фердинанд и посетила султана в Цариград и европейските дворове Петербург, Виена, Берлин, Париж и Белград във връзка с признаването на българския монарх. Получава високи чуждестранни правителствени награди: орден "Османие" трета степен (турски), орден "Св. Станислав" трета степен (руски), орден "Почетен легион" (френски), орден "Таково" трета степен (сръбски) и други. В продължение на девет години е на служба при Фердинанд като заема длъжностите комендант на двореца и флигел адютант. Запазил българското у себе си и възрожденския си патос, той има отрицателно становище към намесата на двореца в политиката и търси начин да премине на строева длъжност.
На 25 май 1905 г. подполковник Панайот Бърнев е назначен за временен командир на 6-и пехотен търновски полк, а след две години - на постоянна длъжност там. Седем години командува този полк, подготвя го при мирновременни условия и с него участвува в Балканската и Междусъюзническата война 1912-1913 г. През Първата световна война е командир на 5-а пехотна дунавска дивизия (1915-1916 г.). Взема участие във войната на Македонския фронт. От 4 декември 1916 г. е началник на 5-а военна дивизионна област в Русе. Произведен е в звание генерал-майор на 15 август 1915 г. и генерал-лейтенант на 31 октомври 1918 г., като е уволнен от армията. Живее кратко време в Русе, след това се установява на постоянно местожителство в София. Умира на 18 юни 1934 г.
Маринов, Илия Спомени на генерал-лейтенант Панайот Бърнев от Балканската война 1912-1913 годинал. В: Военно исторически сборник, г. 62, кн. 5, септември-октомври, Военноиздателски комплекс Св. Георг Победоносецр София 1993, с. 169-175.