Maarja-Magdaleena kihelkonda on ajalooürikutes esmakordselt mainitud 1443. aastal (krespel to der Nyenkerken), kuid oma praeguse nime sai kihelkond alles 17. sajandil.
Maarja-Magdaleena kihelkond on loodud kahe muinas-maakonna piirialadele. Põhjapoolne osa (Kudina-Saare ümbrus) kuulus Vaigasse, lõunapoolne aga territooriumile, mida kroonika nimetab Jogentagana (Jõetaguse, mõeldud on Emajõge).
Liivi ja Rootsi-Poola sõda laastasid seda piirkonda väga. Rahvaarv vähenes katastroofiliselt ja 1630-ndail aastail on umbes kolmandik talupoegadest võõramaise, peamiselt vene päritoluga.
Peale sõdasid elanikonna vähenemist ja kiriku hävimist oli kihelkonna alad ühendatud Palamuse kihelkonnaga.
Rahvapärimus räägib, et Maarja-Magdaleena kirik olevat ära põlenud ja selle müürid hiljem paksu metsa seest üles leitud. 1644 õnnistati kirik uuesti sisse ja taastati kihelkond, kuhu kuulus ka Vara abikiriku piirkond.
1680. aastast on esimesed andmed Maarja-Magdaleena köstrikooli olemasolu kohta. Praegune Maarja-Magdaleena Põhikool loeb sellest ajast oma vanust.
Pärast Põhjasõda kuulus Maarja-Magdaleena kihelkonnas kogu maa mõisnikele. Kihelkonna põhjaossa jäid Saare mõis, Kudina mõis ja Jõemõisa mõis. Kihelkonna keskosa maad kuulusid Kaiavere mõisale, need ümbritsesid ka Maarja-Magdaleena kirikumõisa valdusi. Kaiavere mõinik oli Maarja-Magdaleena kiriku patroon. Kaiavere mõisa juurde kuulusid Pataste, Lilo ja Kadrina karjamõisad. Kihelkonna edelaossa ulatusid Äksi kihelkonnas asuva Elistvere mõisa Juula ja Nigula karjamõisad ja Vedu mõisale kuuluv Toolamaa küla. Kihelkonna lõunaosa moodustasid Vara mõisa maad, kus tegutses Vara abikirik.
Nüüdne kihelkonnakirik ehitati vanast aastatel 1885–1887 põhjalikult ümber.
Kuni tsaariaja lõpuni olid kihelkonnad maal vähimaiks territoriaalüksusteks, mis ühendasid vallad ja mõisad. Eesti vabariigis said vallad kogu oma piirkonna elanikke haaravaiks administratiivsusteks. Kuna paljudesse valdadesse kuulus maid mitmes kihelkonnas, siis kaotasid kihelkonnad oma administratiivse tähtsuse ning sellistena nad ka tühistati 1925. aastal. Sellest ajast jäid nad tähistama kirikukoguduste piirkondi.
Kihelkonnas räägitav Maarja-Magdaleena murrak kuulub eesti idamurde lõunarühma.[1]
